Користувачі можуть вибирати між двома різними вхідними рівнями: лінійним та інструментальним. Більшість електрогітар найкраще працюють з інструментальним рівнем, у той час як деякі інструменти з більш високою потужністю краще працюють з лінійним рівнем. Для клавішних та інших педалей з більш високою потужністю, випущених до IBANEZ ES3, також більше підійдуть налаштування лінійного рівня.
Педаль ефектів IBANEZ ES3 має аналоговий і цифровий режими затримки. Аналогове налаштування забезпечує теплий, природний тон з часом затримки від 40 мс до 600 мс, і на відміну від інших цифрових педалей, які просто імітують аналогову затримку, IBANEZ ES3 дійсно оснащена аналоговою схемою. У цифровому режимі час затримки збільшується до 1500 мс. Педаль також включає в себе новий регулятор швидкості модуляції, який надає розширені можливості для адаптації ефекту до унікальних переваг музиканта.
На відміну від IBANEZ ES2, де функцію осциляції потрібно було задіяти вручну за допомогою міні-тумблера, цю ж функцію можна активувати простим натисканням і утримуванням правого педального перемикача. Це дозволяє швидко змінювати якість і текстуру затримки під час виступу. Педаль перейняла фейдер для контролю часу затримки, перемикач затримки, а також режими осціляціі і модуляції від ES2. Сукупний результат цих оновлень — більш зручна педаль з більшою тональною універсальністю та покращеним музичним потенціалом.